La EFSA ha establecido los límites de ingesta semanal tolerables, o niveles de seguridad, con el objetivo de proteger a los consumidores de los efectos nocivos de la presencia de las principales formas en que el mercurio se presenta en los alimentos: el metilmercurio y el mercurio inorgánico

En el caso del metilmercurio, presente principalmente en el pescado y el marisco, es sobre todo peligroso para sistemas nerviosos en desarrollo y para el cerebro –por ejemplo, el feto de las mujeres embarazadas.  Se han establecido niveles de seguridad de 1.3 mg por kg de peso corporal, a diferencia de los 1.6 mg por kg antes establecido, pues los nuevos estudios se concluyen que los efectos beneficiosos asociados a los ácidos grasos del omega 3 presentes en el pescado han llevado a subestimar sus efectos adversos.

Los nuevos estudios identifican la carne de pescado, especialmente el atún, el pez espada, el bacalao, la pescadilla y el lucio como los vehículos más importantes de la exposición al metilmercurio en Europa para todas las edades, además de la merluza para los niños

Por otra parte, el mercurio inorgánico no es considerado tan tóxico, y puede encontrarse también en el pescado y el marisco, o en las comidas preparadas. Sobrepasar el nivel de seguridad es difícil, pero puede suceder si se combina con otras fuentes. Concretamente, se ha establecido, para el mercurio inorgánico, un nivel de seguridad de 4 mg por kg de peso corporal.

Todas estas conclusiones tienen que ver solamente con la exposición a través de la dieta, y no evalúa los beneficios nutricionales ligados a ciertos alimentos (como el pescado o el marisco).

Aun así, desde la EFSA se añade que, si las medidas para reducir la exposición al metilmercurio son considerados por los gestores de riesgos, los posibles efectos beneficiosos del consumo de pescado también se deberían tener en cuenta.